В марте 1906 г. вернулся к служению в Суворовскую церковь. Одновременно преподавал с 1906 г. по 1910 г. Закон Божий в Смольном институте. С 1910 г. профессор Богословия в Императорском Историко-Филологическом институте. В 1909 г. член Епархиального миссионерского совета, в 1910 г. член Духовного правления Военного Протопресвитера, с 22 апреля 1911 г. Протопресвитер военного и морского духовенства. В 1913 г. настоятель Феодоровского Государева Собора в Царском Селе. Можно сказать, что он достиг, будучи священником, вершин, на какие может быть поставлен представитель белого духовенства.
Во время Первой мировой войны о. Георгий находился в Ставке Верховного Главнокомандующего: объезжал фронты, посещал передовые позиции. Подавал пример самоотвержения и пастырского служения на войне. Награжден Георгиевскими медалями трех степеней и орденом святого благоверного Александра Невского.
С ноября 1915 г. по май 1917 г. член Св. Синода. С осени 1917 г. член Всероссийского Поместного Собора и товарищ его председателя. В 1917 г. на съезде военного духовенства был избран пожизненным главой русского военного ведомства. Имя о. Георгия называлось на Всероссийском Поместном Соборе 1917–1918 гг. в числе кандидатов на Патриарший престол, но он сам снял свою кандидатуру 30 октября/ 12 ноября 1917 г. перед голосованием по избранию трех кандидатов на Патриаршество – Антония (Храповицкого), Арсения (Стадницкого), Тихона (Беллавина). Входил в состав Высшего Церковного Совета при Св. Патриархе.
В 1918 г. через Пинские болота перебрался в Киев, оттуда в ставку А. И. Деникина. Содействовал созыву в Ставрополе Церковного Собора, товарищем председателя которого был избран. Входил в состав Высшего Церковного Управления на Юге России. Был редактором «Церковных Ведомостей».
Новороссийск стал последним русским городом, из которого он отплыл из России, разделив судьбу русских изгнанников. Временно разместился вместе с частями Белой армии на о. Лемнос.
В 1920 г. после отказа владыки Гермогена (Максимова) отслужить панихиду по императору Николаю II, он согласился отслужить, но, как ядовито писал известный психиатр Н. Краинский, не по царю, а просто по рабу Божьиму Николаю, ведь он «бывший самодержец»! Симптоматичен, подчеркивает С. Фомин в «Русском вестнике», и отзыв самого царя в 1916 г. о Шавельском: «Не чувствую себя в настроении исповедоваться у Шав[ельского], потому что боюсь, чтобы оно не принесло вместо мира и спокойствия душе обратного!». Не сложились отношения у Шавельского и с митрополитом Антонием (Храповицким), которого он задел в одной из своих статей, намекнув на «злословие и блудословие» – владыки, что было несправедливым. По сути дела, резкость высказываний о. Георгия, его «странные» поступки, вызывавшие возмущение, – все это вело к увеличению врагов, критиков протопресвитера в среде высших иерархов. А как можно было смотреть на того, кто считал монашество отжившим свой век церковным институтом?
Судя по его воспоминаниям, он был действенным защитником многих военных от несправедливостей, заступаясь за них перед высшим военным руководством.
С Лемноса выехал в Болгарию. Служил в Софии рядовым священником в русском храме. Преподавал в Софийской духовной семинарии и на Богословском факультете Софийского университета, где читал курс «Православное пастырство». Учил Закону Божьему детей в русской гимназии, во главе которой стоял одно время. С 1926 г. являлся председателем Софийской академической группы.
