Почти год проработал Флоренский на опытной станции в Сковородине, сырой и мерзлотной. В лагере ученый сильно заболел, у него началось воспаление нервных стволов. Эта болезнь всегда сопровождается постоянной и невыносимой болью в области всего позвоночника. Следователь же, знавший о его недуге, постоянно издевался над ним, приговаривая: «А я еще так сделаю, что и моча тебе в голову ударит».
Дочь Ольга, приехавшая навестить отца в тюрьме, спросила, кого из старых своих знакомых он может порекомендовать ей в качестве духовного наставника. Этот вопрос заставил ее голодного и больного отца сильно и надолго задуматься. Через некоторое время он поднял на нее глаза и проговорил: «Сейчас такое страшное время, что каждый должен отвечать сам за себя». Затем Ольга спросила, почему он перестал быть священником. Отец вспыхнул, передернулся и начал с жаром говорить ей, что он всю свою жизнь стремился лишь к тому, чтобы служить священником, и что сана никогда с себя не снимал.
В августе 1934 года заключенный Флоренский был вывезен спецконвоем из Сковородина на Кемский пересыльный пункт (на Попов остров), откуда отправляли на Соловки.
Дочь Ольга вспоминает об этой высылке в своем дневнике: «За папой следовал охранник. Подошел поезд, папа простился, вошел в вагон и стоял в дверях. Охранник сзади него стоял». Когда поезд тронулся, Флоренский крикнул дочери в шутку: «Если бы я был богатым, я всегда бы ездил с охранником». К горькому сожалению, охраной бедный ученый теперь был обеспечен на всю его недолгую оставшуюся жизнь на Соловках.
В одном из писем Флоренский писал: «Свой переезд я до сих пор вспоминаю с содроганием: нас бросало головами от стены к стене, так что мы приехали в синяках и кровоподтеках. Каюту на борту захлестывало холодной водой, в которой беспорядочно плавали чемоданы и высыпающиеся вещи. Всех тошнило и рвало, а кругом было ослепительно темно и ревели волны».
Сразу по прибытии на Соловки Флоренского, как и других только что доставленных, отправили в карантинную роту, которая в начале 1930-х годов размещалась в северной части поселка. Заключенные занимались там тяжелым и малопроизводительным трудом – разборкой картошки, заготовкой леса, мелиорацией и т. д. Флоренский пишет дочери, что там ему «жить крайне неудобно, неуютно и трудно» и что окружают его «преимущественно бандиты и урки».
Позднее Флоренского переводят на новое место работы – в центральную лабораторию на т. н. «биосад», расположенный в бывшей Филипповской пустыни. Об этом он писал: «Лаборатория находится в двух километрах от кремля, расположена в лесу. Место тихое и уединенное, так что можно будет поработать».
И действительно – работа в бывшей монашеской пустыни закипела. Именно здесь Флоренский сделал большую часть своих открытий и, как он сам вспоминал, провел лучшее время. Здесь ему удалось, в частности, сконструировать аппарат для осаждения и фильтрации йода и выделить этот химический элемент не из золы, как ранее, а непосредственно из водорослевой массы. Кроме того, он извлек, как и хотел, остальные ценные элементы, не уничтоженные сжиганием – альгинаты, клетчатку, белковое вещество и др. Также Флоренский придумал способ использования альгинатов для нанесения печатных узоров на ткани и для получения альгиновой пленки. А еще сконструировал термос из нового теплоизоляционного материала, который ему удалось получить из сфагнового мха и водорослей.
