Осенью 1909 года был освящен второй, больничный храм обители во имя святых Марфы и Марии – по замыслу настоятельницы он был устроен так, чтобы тяжелобольные, не вставая с кровати, прямо из палат сквозь открытые двери могли видеть Богослужение. А на следующий год, когда обитель открылась, святая Елисавета приняла в его стенах монашеский постриг, посвящал ее в монашество святой митрополит Владимир (Богоявленский), будущий священномученик, принявший смерть в Киеве в январе 1918 года. В апреле 1910 года на всенощном бдении по особому составленному Святейшим Синодом чину совершилось посвящение 17 насельниц вместе со святой Елисаветой в звание крестовых сестер, а наутро, за Литургией святая Елисавета была возведена в сан настоятельницы обители. Епископ Трифон (Туркестанов), обращаясь к ней, сказал: «Эта одежда скроет Вас от мира, и мир будет скрыт от Вас, но она в то же время будет свидетельницей Вашей благотворной деятельности, которая воссияет пред Господом во славу Его».
Настоятельница вела жизнь подвижницы, проводя время в молитвах и в уходе за тяжелобольными, иногда ассистируя врачам на операции, собственноручно делая перевязки. По свидетельствам пациентов, от самой «Великой Матушки» исходила целительная сила, которая благотворно влияла на больных и помогала выздороветь – здесь исцелялись многие из тех, кому отказали в помощи врачи, и обитель оставалась для них последней надеждой. Сама настоятельница всегда обращала больных к главному средству – церковным Таинствам Исповеди и Причастия.
Матушка с сестрами выходила в мир: помогала сиротам, неизлечимым больным, беднякам. Обитателей Хитровки княгиня уговаривала отдать детей ей на воспитание – она организовала общежитие для мальчиков, которые потом составили артель посыльных, а для девушек – дом работниц с дешевой или бесплатной квартирой, где они уберегались от голода и влияния улицы. Устраивала Рождественские елки для бедных детей с подарками и теплой одеждой, изготовленной руками сестер. Открыла приют для неизлечимо больных туберкулезом. Чахоточные женщины обнимали княгиню, не сознавая опасности для нее этих объятий, а она никогда не уклонялась от них. Помогала настоятельница и духовенству, особенно сельскому, где не было средств построить или обновить храм, священникам-миссионерам на Крайнем Севере и на других окраинах России, русским паломникам, отправлявшимся посетить Святую Землю. На ее средства был построен русский православный храм в итальянском городе Бари, где находятся мощи святителя Николая Чудотворца.
После революции обитель не трогали и даже помогали продовольствием и медикаментами. Чтобы не давать повода провокациям, настоятельница и сестры почти не выходили из стен, каждый день служилась Литургия. Но постепенно власти подбирались к христианскому островку: прислали опросные листы для проживающих и излечивающихся, арестовали несколько человек из больницы, а затем объявили о решении перевести сирот в детский дом. В апреле 1918 года, в Светлый Вторник после Пасхи, в обители служил Литургию и молебен Святейший Патриарх Тихон, преподавший святой Елисавете последнее благословение. Сразу после его отъезда настоятельница была арестована – ей даже не дали просимых двух часов на сборы, выделив только «полчаса». Простившись с сестрами, под вооруженной охраной латышских стрелков, она уехала в машине в сопровождении двух сестер – любимой келейницы Варвары Яковлевой и Екатерины Янышевой.
