На той же площадке собрались приглашенные: губернатор Иерусалима, Реуфпаша, комендант Иерусалима, греческий консул, русское консульство и с лишком 150 человек русских паломников. Великий князь Сергий Александрович поздоровался с командою, обошел ее фронт, и затем Их Высочества поднялись по лестнице в церковь, в дверях которого были встречены Блаженнейшим Никодимом с двумя архиереями из нашей Духовной Миссии в облачении. Когда Их Высочества вступили в церковь, Патриарх поднял с аналоя святые мощи, после чего начался крестный ход кругом наружных стен храма…
После третьего обхода врата растворились, и духовенство, а за ним и Их Высочества вступили в храм. Началось освящение по чину, согласно православному уставу, причем молитвы Патриарх читал по-славянски… При положении святых мощей в ковчег Патриарх троекратно провозгласил вечную память Императрице Марии Александровне; хор пропел вечную память, и все присутствующие опустились на колени. Минута была торжественная и в высшей степени трогательная. По окончании освящения, началась Божественная литургия, которую совершил Блаженнейший Никодим с прочим вышеназванным духовенством».
По случаю столетия освящения церкви святой Марии Магдалины в 1988 году Гефсиманская община была возведена в ранг монастыря.
Дивный храм, увенчанный золотыми луковками куполов, которые видны отовсюду, служит украшением современного Иерусалима. Храм однопрестольный, семиглавый, сооружен из бело-серого иерусалимского камня и является образцом русской архитектуры московского стиля.
Внутри храма находится иконостас изящной работы из белого мрамора с орнаментом темной бронзы. Иконы в нем кисти В.В. Верещагина и С.В. Иванова. Пол в храме выполнен из разноцветного мрамора. Кроме В.В. Верещагина и С.В. Иванова живописные работы выполняли А.И. Корзухин, А.П. Соколов, Е.С. Сорокин.
В нижней части Гефсиманского сада вокруг храма недалеко от ворот одновременно с его постройкой возвели домик в два этажа, надпись над входом которого гласит: «В память великого князя Константина Николаевича и его внучки великой княгини Александры Георгиевны».
Рядом с церковью небольшая колокольня.
В январе 1921 года в церкви были погребены доставленные из России тела мученически погибшей княгини Елисаветы Феодоровны и ее келейницы Варвары. Погребение совершал Иерусалимский Патриарх Дамиан. Мощи преподобномучениц Елисаветы и Варвары были расположены в отдельных раках по обе стороны солеи. Первоначально, после перенесения из Китая, они были погребены в крипте церкви в соответствии с волей великой княгини. В 1981 году 1/14 октября, Русская Зарубежная Церковь причислила Елисавету Феодоровну и ее келейницу инокиню Варвару к лику святых. После прославления РПЦЗ княгини и инокини в лике святых 1 мая 1982 года, в день празднования Недели святых жен-мироносиц, их мощи были перенесены из крипты в храм для поклонения.
Среди святынь храма: чудотворная икона Божьей Матери Смоленской «Одигитрия». Образ, прославившийся в 1554 году в селении Рихания (Ливан), был преподнесен в дар митрополиту Гор Ливанских Илии, который передал ее в Гефсиманский монастырь – согласно преданию – после явления к нему великомучениц Екатерины и Варвары. Икона святой равноапостольной Марии Магдалины с частицей ее мощей и икона преподобных старцев Оптинских, а также ковчег с частицами их мощей.
На территории монастыря находится пещерная часовня во имя Страстей Господних. Ее освящение состоялось в 1998 году. Часовня расположена в гроте, где, по преданию, находились апостолы Петр, Иаков и Иоанн в момент молитвы Спасителя перед арестом.
