Следующая попытка, предпринятая при Александре I, закончилась серьезным конфликтом. Посланный в Японию камергер Николай Резанов вел себя достаточно вызывающе – он был грубо выдворен из Японии. После этого, он, обладая значительным влиянием и властью, решил мстить Японии, тем паче, что взаимные территориальные претензии относительно Курильских островов и острова Сахалина имели место быть уже тогда. Резанов приказал морским офицерам, служащим на его собственных кораблях, заняться каперством в отношении сахалинских японцев – в то время часть острова Сахалин принадлежала Японии. Приказ Резанова был исполнен командиром фрегата «Юнона» Хвостовым – он в 1806 году сжег японские хлебные склады у губы Анива. На следующий год каперская эпопея была Хвостовым продолжена. Он, по-прежнему командуя судном «Юнона», в сопровождении тендера «Авось» под начальством мичмана Давыдова отправился к острову Итуруп, где сжег два японских селения – Найбо и Сяна. Оттуда он направился к острову Матсмая, где захватил японские грузовые суда, которые были отведены в Охотск. На этом каперская эпопея была окончена – Хвостова и Давыдова отозвали в Санкт-Петербург, где отдали под суд за самовольные действия. Главный виновник – Резанов – к тому времени скончался.
Однако, Япония приняла собственные ответные действия. В 1811 году шлюп «Диана» под командованием капитана В. М. Головнина проводил гидрографическое описание Курильских островов. На острове Кунашир капитан Василий Головнин, два офицера и четверо матросов были захвачены в плен японским гарнизоном Кунашира и перевезены на остров Хоккайдо, где содержались в тюрьме близ города Мацумаэ.
Лишь благодаря решительным действиям капитана П. И. Рикорда удалось освободить российских моряков и немного успокоить взаимную неприязнь. В 1812 году бриг «Зотик» под командованием капитана Рикорда отправился к японским берегам. 8 сентября русские моряки задержали японское судно «Кандзэ-Мару» («Кансэ-Мару») с Такадая Кахэем – богатым и влиятельным японцем, который сообщил, что русские моряки живы и находятся в заключении. Тогда Рикорд принимает решение вернуться в Россию, взяв с собой Такадая Кахэема в качестве заложника. Переговоры с влиятельным японцем продолжались всю зиму – в конце концов, Рикорду удалось склонить Такадая Кахема к помощи в освобождении российских моряков. Такадая Кахем вернулся в Японию и обратился к сёгуну с просьбой отпустить подданных Российской империи. Еще год шли трехсторонние переговоры, результатом которых стало освобождение русских моряков и взаимная удовлетворенность сторон. Тем не менее, определенная предубежденность по отношению к русским у японцев осталась.
Впоследствии, в 1855 году между Россией и Японией был заключен Симодский трактат, благодаря которому равноапостольный святитель Николай и смог приехать в Японию. Согласно этому трактату для русских в Японии вводилась, по существу, консульская юрисдикция. Курильские острова к северу от острова Итуруп объявлялись владениями России, а Сахалин продолжал оставаться как совместное, нераздельное владение двух стран. Однако, несколько лет спустя вновь возникли территориальные споры из-за Курильских островов и острова Сахалин. Противоречия сторон были разрешены в 1875 году с подписанием Санкт-Петербургского договора, согласно которому Россия уступала Японии все Курильские острова в обмен на полноправное владение Сахалином.
