Эти данные свидетельствуют, что и через неделю после начала восстания общая численность красных войск была недостаточной для взятия города. Часть отрядов состояла из рабочих, которые впервые получили оружие. Профессиональных военных не хватало, в то время как у Перхурова преобладали именно военные, бывшие офицеры.
У красных войск под Ярославлем была и ещё одна долго не решаемая проблема: у них не было единого командования. Войска действовали совершенно разрозненно. Донесения красных командиров в Москву пестрят такими фразами: «Организация никуда не годная…», «Командование войсками ужасно…», «Пришлите энергичных опытных руководителей…» Ещё более определённо высказался по этому поводу командир бронепоезда Ремезюк. Он считал, что «при энергичном действии командного состава можно [было] всё ликвидировать в один день». Видимо, сходной была позиция М.В.Фрунзе. В уже упомянутом письме Н.И.Муралову он писал, что для быстрой ликвидации мятежа нужно ещё «человек 500 хорошего войска».
Архивные документы позволяют выявить и ещё одну причину задержки в ликвидации мятежа. Среди тех воинских формирований, которые были направлены на помощь Ярославлю, преобладали артиллерийские части. Только своими силами они взять город не могли. Три бронепоезда курсировали по железной дороге от ст. Ярославль через ст. Всполье до железнодорожного моста, вели интенсивный обстрел города, но коренным образом повлиять на исход уличных боёв не могли. Недостатка в артиллерийских снарядах у красных не было, но недоставало пулемётов и поначалу было мало живой силы. В этих условиях красные предпочитали вести артобстрел города, что вело к его разрушению, но исход операции не могло предрешить. Сами красные командиры вынуждены были признать, что «город разгромлен до ужаса, а пользы немного». Взять город можно было только путём упорных уличных боёв, но это вело к большим потерям для осаждавших.
У Перхурова, напротив, было мало артиллерии, но имелось в наличии большое количество пулемётов. Кроме того, как прежде отмечал сам Перхуров, вести артиллерийский огонь из города мешали здания, плотная городская застройка Ярославля. Именно по этим причинам мятежники слабо использовали артиллерию. Их тактика заключалась в том, чтобы превратить крупные здания в долговременные оборонительные сооружения и вести оборону в сочетании с наступательными операциями на отдельных участках фронта. Так они намеревались продержаться до подхода с севера основных сил белых.
11 июля приказом Реввоенсовета Республики командующим войсками Северного района Ярославского фронта был назначен А.И.Геккер, архангельский окружной военный комиссар, командующий Вологодским тыловым районом. В соответствии с приказом А.И.Геккер должен был взять в свои руки общее руководство военными действиями по разгрому ярославского мятежа.
13 июля командующим войсками Южного района Ярославского фронта был назначен Ю.С.Гузарский.
Первоначально штаб Геккера расположился в г. Данилове. В распоряжении штаба находились 1-й Архангельский и 1-й Вологодский полки, Костромской сводный отряд, 6-й и 8-й латышские полки и некоторые другие части. Штаб установил связь и подчинил себе те отряды красных войск, которые действовали в районе Ярославля. 12 июля красные части захватили железнодорожный мост через Волгу, 14 июля – станцию Филино, куда 17 июля переместился из Данилова штаб Геккера. Кольцо красных войск вокруг Ярославля сжималось всё плотнее.
