После защиты докторской диссертации Челпанов получил предложение возглавить кафедру философии в Московском университете. С 1907 г. начался почти тридцатилетний период его московской научной деятельности, хотя по-настоящему активным и плодотворным можно считать лишь первую половину этого периода – до 1923 г. В эти годы им был опубликован ряд научных работ – «Психологические лекции» (1909), «Психология и школа» (1912), «Психологический институт» (1914), «Введение в экспериментальную психологию» (1915). Но главной его работой следует, пожалуй, назвать книгу «Мозг и душа» с характерным подзаголовком «Критика материализма и очерк современных учений о душе». Книга увидела свет в 1900 г. и при жизни автора выдержала 6 изданий; новое, седьмое, неожиданно (впрочем, чему тут удивляться в наше-то время!) увидело свет совсем недавно, в 1994 г. (перекормленные материализмом советские психологи с особым упоением предались его критике).
Во многих историко-научных и справочных источниках научное мировоззрение Челпанова совершенно справедливо определяется как идеалистическое. В советские времена такая оценка звучала приговором, ныне чуть ли не сияет нимбом. Если же не впадать в патетику, следует всего лишь отметить, что психологию Челпанов пытался построить на основе концепции «эмпирического параллелизма» души и тела. Полагая, что психология должна исследовать природу души и сознания, он считал материализм учением, непригодным для решения этих задач, поскольку, по его мнению, такие понятия, как материя и атом, являются умозрительными, а не опытными. В психике он усматривал два полюса – материю (головной мозг) с одной стороны, и субъективные переживания с другой. В работе «Мозг и душа» он писал, что «дуализм, признающий материальный и особенный духовный принцип, во всяком случае, лучше объясняет психические явления, чем монизм».
Задачи психологического исследования Челпанов видел в точном и объективном изучении отдельных элементов и фактов психической жизни, основанном как на экспериментальных данных, так и на результатах самонаблюдения. Таким образом, подход Челпанова к эксперименту вытекал из его методологических, философских позиций. Главным методом в его концепции оставалось самонаблюдение, хотя он подчеркивал необходимость дополнения этого метода данными эксперимента, сравнительной и генетической психологии. Ведущая роль интроспекции, по мнению Челпанова, связана с тем, что многие факты душевной жизни трансцендентны, а потому не поддаются объективному объяснению и исследованию.
В начале ХХ века Челпанов был одной из центральных фигур в научной жизни Москвы, в его доме собирались многие видные представители московской научной интеллигенции. Он принимал живое участие в работе Московского психологического общества, товарищем председателя которого являлся… Многие его статьи публиковались в психологических и философских журналах.
Однако главным делом его жизни стала организация психологического института, который начал строиться в 10-х гг. на деньги известного мецената С.И. Щукина. Для ознакомления с работой психологических институтов и лабораторий он в 1910–1911 гг. неоднократно выезжал в командировки в Германию и США, по его проектам было закуплено оборудование для института, организованы различные лаборатории. Благодаря ему Московский психологический институт, первый в мире выстроенный именно как психологическое научно-исследовательское и учебное учреждение, стал одним из лучших по оснащенности оборудованием и по количеству применявшихся исследовательских технологий.
