Сразу же после завершения боевых действий Даян приступил к созданию военного управления в полосе Газа. Он стремился выявить среди арабского населения силы, готовые сотрудничать с Израилем. В те дни Даян сделал несколько выводов, которые оказали решающее влияние на его политику к арабскому населению территорий. По мнению Даяна, израильским войскам нужно было как можно дольше оставаться на захваченной территории. Длительность этого периода благотворно скажется на обстановке здесь даже в случае последующего отвода израильских войск.
Когда войска стали выводить, он предложил, чтобы Израиль передал Синайский полуостров Египту, а не войскам ООН, с тем чтобы получить непосредственно от египтян гарантии свободы судоходства и спокойствия на границах.
Основное достижение мирного договора состояло в гарантии свободного прохода через Тиранский пролив и залив Акаба.
Даян подал в отставку в 1964 году и занялся работой в рыболовецкой фирме и написанием «Дневника Синайской кампании», опубликованного в 1965 году. Он проанализировал не только успехи, но и ошибки, стоившие человеческих жизней.
В 1966 году был военным корреспондентом в Южном Вьетнаме во время Вьетнамской войны.
Даян оставался в стороне от большой политики до начала Шестидневной войны в июне 1967 года.
В мае 1967 года Египет и Сирия заключили военный союз, угрожая «сбросить евреев в море». Больше того, президент Насер закрыл Тиранский пролив и сосредоточил свои войска на Синайском полуострове.
Среди израильской общественности прозвучали требования передать Даяну портфель министра обороны, который находился в руках премьер-министра. Даян был включен в качестве министра обороны в многопартийное правительство национального единства. Это произошло за четыре дня до начала военных действий.
Даяну были даны полномочия установить час начала наступления. Новый министр обороны немедленно взял ситуацию под личный контроль и произвел последние изменения в планах операции. Даян перенес упор с оккупации территорий и захвата важных стратегических пунктов на преследование и уничтожение как можно большего числа египетских военных частей и подразделений.
То, что произошло между понедельником 5-го июня и субботой 11-го июня 1967 года, вошло в мировую историю. Шесть дней израильская армия удерживала фронт по периметру, протянувшемуся вдоль Суэцкого канала, Суэцкого пролива, залива Акаба, долины реки Иордан и Голанскими высотами.
Даян активно участвовал в осуществлении боевых операций. 7-го июня вместе с начальником генерального штаба Ицхаком Рабином Моше Даян вошел в Старый город Иерусалима.
По окончании военных действий нужно было управлять захваченными территориями: Синайским полуостровом, сектором Газа, Западным берегом реки Иордан и Голанскими высотами, – где проживало свыше миллиона арабов.
Одно из направлений политики Даяна состояло в том, чтобы использовать десятки тысяч рабочих с оккупированных территорий в сельском хозяйстве и промышленности Израиля. По его мнению, главное достоинство этой политики – предоставление евреям и арабам возможности вместе жить и работать.
В 1969–1970 годах президент Египта Насер предпринял попытку неудачных военных действий в зоне Суэцкого канала. 6-го октября 1973 года произошла атака египетских и сирийских войск во время иудейского праздника Йом-Кипур. Армии пересекли линии прекращения огня на Синайском полуострове и Голанских высотах и начали продвижение в глубь Израиля. Это была так называемая война «Судного дня», которая закончилась через 18 дней.
