Адмирал собирал аппарат правительства, отстранял от должности одних, делал назначения других, издавал, порой, противоречивые распоряжения, энергично выступал с речами, так, что даже сорвал голос: всё было направлено на исправление ситуации в борьбе с большевиками.
В Новониколаевске появилось «Воззвание Верховного правителя» к населению, в котором Колчак признавал неудачи на фронте и взывал вступать добровольцами в армию, организовывать отряды самообороны. Впервые, давая себе отчёт, что следует опираться все же на людей, обладающих состоянием, Колчак обратился к ним, назвав «Имущим населением» в противовес «голытьбе»:
«Пора понять, что никакие пространства Сибири не спасут вас от разорения и позорной смерти.
До сих пор вы думали, что правительство, что армия будут вас защищать без всякого участия с вашей стороны. Помогите ей своим достоянием, деньгами, одеждой, продовольствием, забудьте о чужой помощи, и никто кроме вас не будет вас защищать и не спасет.
Я объявляю Родину нашу и все русское национальное дело в опасности».
Но ощущалось во всем, активность Верховного не способна раскручивать практически остановившийся маховик власти: органы управления бездействовали, чиновники более думали о своём спасении, приводной механизм между верховной властью, органами управления и обществом был разрушен.
В Новониколаевске оперативно был назначен на пост главы правительства Виктор Пепеляев, взамен отстраненного Петра Вологодского, как чиновник, требовавший активной работы и ужесточения всяческих мер.
Ситуация на фронте была также плачевной, что отзывалось смутой и в тылу.
Казалось, при прибывании Верховного в городе, крепкий и преданный Барабинский полк, вдруг восстал после его отъезда: предательство шло за Верховным правителем России по пятам, ступая шаг в шаг с большевистскими агитаторами, доносящих простые и понятные массам лозунги: «Долой господ!», «Земля крестьянам!», «Заводы рабочим!», «Земля и воля!».
Развал фронта случился ещё летом.
Командующий Гайда проигнорировал приказ Колчака о приостановке наступления восточного крыла Сибирской армии под угрозой разгрома войск западного фронта: требовалась оперативная перегруппировка войск и поддержка западного крыла обороны фронта.
Этого сделано не было.
Более того восточное крыло фронта двигалось вперёд, практически затягивая удавку на шее западной армии.
В результате красные обошли и опрокинули фронт: в страшной рубке всё смешалось, нарушилось управления войсками и началось общее отступление. К поздней осени провал обороны превратился в беспорядочное бегство и дезертирство боевых подразделений.
Генерал Анатолий Пепеляев, один из наиболее молодых и успешных командующих, избалованный прошлым воинским успехом, в результате отступления практически потерял армию, разложившуюся под натиском неудач, большевистских агитаторов и не без оснований обвинил в развале фронта главнокомандующего Сахарова и самого Колчака.
В декабре произошёл открытый конфликт генерала Пепеляева и Колчака.
Поезд Верховного Правителя России прибыл на станцию Тайга и был задержан и окружён войсками генерала. Пепеляев в нелицеприятной беседе с Колчаком, выкрикивая обвинения, в грубой форме потребовал расследования предательства в армии и причин сдачи Омска.
Ситуацию спас только что назначенный на пост премьер-министра правительства Виктор Пепеляев, который примирил Колчака и брата. Сахаров был смещен с должности командующего, а распадающаяся, лишенная общего управления армия покатилась мелеющей рекой с запада на восток.
