Во время войны со Швецией император направил Аракчеева в Финляндию, предоставив ему неограниченные полномочия. По стечению обстоятельств приезд министра совпал с успешными военными действиями русской армии, и Александр прислал Аракчееву свой орден Андрея Первозванного. Однако фаворит «упросил государя взять орден обратно, что и было милостиво исполнено». Взамен император предписал войскам «отдавать Аракчееву следующие ему почести и в местах высочайшего пребывания».
Справедливости ради необходимо сказать, что педантизм Аракчеева и его стремление к дисциплине и порядку все же имели некоторые положительные результаты. При нем были изданы новые правила и положения, касающиеся военной администрации, упрощена и сокращена переписка, приняты меры к повышению уровня образования офицеров, упорядочена материальная часть.
Положение Аракчеева при дворе и доверие к нему Александра I казались незыблемыми. Однако вскоре он вновь подал в отставку – на сей раз совершенно добровольно, обиженный тем, что проект преобразования Государственного совета, составленный Сперанским, рассматривался императором без его ведома. Причем сделал он это в такой грубой форме, что любой другой на его месте оказался бы в опале до конца своей жизни. Он написал императору язвительное письмо, в котором заявлял, что после прочтения этого проекта ему остается «только сообразить свои собственные познания с разумом сих мудрых постановлений» и уволиться от звания министра. Александр I, немало удивленный вспышкой самолюбия своего фаворита, попытался его образумить. Но Аракчеев настоял на своем. В 1810 году он был назначен председателем Военного департамента вновь учрежденного Государственного совета, а пост военного министра занял М. Б. Барклай де Толли. Тогда же Аракчееву было дано право присутствовать в Комитете министров и Сенате. Несмотря на удачное разрешение конфликта, Аракчеев никогда не смог простить Сперанскому предпочтения, выказанного тому Александром I.
В 1812 году, во время войны с Наполеоном, Аракчеев вновь был призван на военную службу. Среди его записей есть упоминание об этом периоде жизни: «вся французская война шла через мои руки, все тайные повеления, донесения и собственноручные повеления государя». Во время войны Аракчеев почти не расставался с Александром I, и добрые отношения между государем и его фаворитом были восстановлены. Среди придворных ходила знаменитая фраза: «Недаром же в русском гербе двуглавый орел, и на каждой голове корона: ведь и у нас два царя: Александр I да Аракчеев I». Начиная с 1814 года в ведении Аракчеева оказался чрезвычайно широкий круг вопросов. Нередко Александр I принимал с докладами одного только Аракчеева, через которого доходили до государя представления всех министров и даже мнения Государственного совета. Позднее, в августе 1818 года, он был назначен руководителем канцелярии Комитета министров и тем самым получил официальную возможность влиять на принятие важнейших решений. Министры скрежетали зубами: по любому поводу им приходилось идти на поклон к Алексею Андреевичу, а он, пользуясь доверием императора, мог по своему усмотрению распоряжаться информацией, средствами и человеческими судьбами. Александр I доверял своему ставленнику как самому себе. Именно это обстоятельство и стало причиной того, что государь поручил Аракчееву заняться созданием военных поселений.
