В первой половине 80-х годов экологическое направление еще более усиливается. Возникают лаборатории общей экологии, структуры и динамики сообществ, биоиндикации, биоповреждений, экологических основ охраны экосистем и управления популяциями животных.
Необыкновенно быстро, главным образом по инициативе Владимира Евгеньевича, расширяется география исследований, и не только экспедиционных, но и стационарных. Вслед за переводом Российско-Монгольской биологической экспедиции в наш институт (1975 г.) при активном участии Владимира Евгеньевича возникает Тропическое отделение института (1988 г.), направляющее и обеспечивающее деятельность Тропического центра во Вьетнаме. Проводятся экспедиционные и стационарные работы в Перу, Боливии, Мексике, Индии, Эфиопии и других странах.
В связи с глобальным характером ряда отрицательных антропогенных воздействий на природу перед институтом ставятся задачи оценки подобных явлений. И В. Е. Соколов с середины 80-х годов организовывает для этих целей новые специальные подразделения института: лаборатории экологического мониторинга регионов АЭС, аналитической экотоксикологии, научных групп аэрокосмических методов исследования, экоинформационных систем, теоретических и прикладных проблем биометода.
Поступательное усиление экологических исследований в институте, расширение тем выполняемых работ сделали необходимым адекватно отразить эти перемены и в его названии (с 1994 г. – Институт проблем экологии и эволюции им. А. Н. Северцова РАН).
Если в начале директорства В. Е. Соколова (1972 г.) институтские научные кадры были объединены в 14 лабораторий, 7 групп, 2 биостанции, то, пережив перестройку, потерю некоторой части сотрудников, институт в 1996 г., за два года до смерти Владимира Евгеньевича, включал 24 лаборатории, 10 групп, Тропическое отделение и 7 биостанций. Если в 1972 г. в институте трудились 4 члена-корреспондента, 28 докторов и 77 кандидатов наук, то в 1998 г., несмотря на все социальные потрясения, коллектив исследователей насчитывал трех академиков, трех членов-корреспондентов, 78 докторов и 215 кандидатов наук. Наверное, только близкие Владимиру Евгеньевичу люди могли догадываться, сколько сил, воли, здоровья стоило ему поддержание института в дееспособном, постоянно развивающемся состоянии. Сколько дипломатического такта, а подчас и титанических усилий требовало обеспечение работы Отделения, кафедры и университета, множества специальных комиссий, комитетов, советов, редакций научной периодики. Владимир Евгеньевич был воспитателем и охранителем научных кадров, созидателем новых научных структур, открывателем новых путей в биологии и экологии.
Собственные научные исследования Владимира Евгеньевича Соколова, проводившиеся им в Академии наук и в университете, были чрезвычайно широкими по тематике.
Всестороннее изучение кожных покровов животных (особенно млекопитающих) стало той областью, где Владимир Евгеньевич не только завоевал общепризнанный международный авторитет, но и создал настоящую научную школу.
Следуя благородным традициям отечественных морфологов и сравнительных анатомов, В. Е. Соколов рассматривал развитие кожных покровов в эволюционном и экологическом аспектах. Весьма удачным следует признать сам выбор кожи как объекта исследования. Этот пограничный слой, оберегающий внутреннюю среду организма и сам организм от агрессивного воздействия внешнего мира, вместе с тем демонстрирует удивительную адаптивность, обеспечивающую теплокровным животным благополучное существование и при арктическом холоде, и при тропической жаре. Исследование кожи и ее дериватов (волос, желез и т. д.) привело к открытию специфических адаптаций, отражающих приспособление млекопитающих к водной, воздушной, наземной и подземной средам. Кожа как биологическая система оказалась на редкость мульти-функциональной. Достаточно упомянуть способность к росту, регенерации, морфогенезу, термо- и гидроизоляции и т. д. В. Е. Соколовым и учениками его школы были описаны и изучены также неспецифические и специфические кожные железы, их секреторная активность, состав и функции выделяемых продуктов.
