За выполнение приказа Михаила Петровича произвели в капитаны 1 ранга. Однако мореплаватель не довольствовался только этим: Лазарев потребовал наград для всего экипажа «Крейсера», включая матросов. 27 февраля 1826 года его отправили командовать 12-м флотским экипажем, а также кораблём «Азов», строящимся в Архангельске. Когда судно сошло со стапелей, «Азов» под руководством Михаила Петровича, а также «Изекииль» и «Смирный» прибыли в Кронштадт.
8 октября 1827 года «Азов», державший курс в Средиземное море, участвовал в Наваринском сражении – крупнейшем морском бое между войсками России, Англии и Франции против турецко-египетского флота. «Азов» под командованием Лазарева успешно уничтожил пять турецких судов, а также флагманский корабль Мухаррем-бея. Наградами за успехи в бою Михаилу Петровичу стали звание контр-адмирала и три ордена – греческий, французский и английский, а корабль получил Георгиевский флаг.
В период с 1828 по 1829 год Лазарев управлял блокадой Дарданелл, затем вернулся на командирскую должность в Балтийском флоте, а в 1832-м его назначили начальником штаба Черноморского флота. На этом посту Михаил Петрович сделал многое – в частности, стал основоположником новой системы обучения матросов. Теперь моряков готовили в море, сделав обстановку максимально похожей на боевую.
Также вкладом Лазарева стали организация снабжения флота артиллерией и судами более высокого уровня, начало оснащения пароходами. Именно тогда был построен первый для российского флота пароход из железа, а кадет начали учить, как ходить на подобных судах.
Помимо заботы о повышении качества кораблей и уровня подготовки экипажей, Михаил Петрович реорганизовал жизнь моряков и их семей на берегу: открыл школу для детей матросов, увеличил фонды Морской библиотеки в Севастополе, приложил все силы к улучшению работы гидрографического бюро. В 1843 году Михаила Петровича Лазарева произвели в чин адмирала.
Ещё в 1835 году мореплаватель решил навести порядок в личной жизни и вступить в законный брак. Его женой стала Екатерина Фан-дер-Флит, дочь губернатора Архангельска, девушка была на 24 года младше супруга. В браке родились шестеро детей, двое из которых, Пётр и Александра, умерли в детском возрасте.
В конце жизни Михаил Петрович тяжело болел, но продолжал работать. Это отмечено даже Николаем I в переписке – тот упоминал, что Лазарев не щадит себя, и опасался, что это осложнит течение болезни.
В 1851 году адмирал вместе с супругой и дочерью отбыл в Вену, надеясь, что европейские врачи смогут помочь справиться с недугом. Однако рак стал только агрессивнее, и Лазарев окончательно слёг, хотя старался не подавать виду о том, сколько мучений приносит болезнь. Просить у государя, благоволившего ему, позаботиться о семье Михаил Петрович не пожелал, как не желал никогда и ни у кого просить помощи.
Заслуги Лазарева перед отечеством характеризуют его награды: орден Святого Георгия 4-й степени, орден Святого Владимира 4-й степени, орден Святого Владимира 3-й степени, орден Святого Владимира 2-й степени, орден Святого Андрея Первозванного, орден Святого Владимира 1-й степени, орден Белого орла, орден Святого Александра Невского, Командорский крест ордена Спасителя, орден Бани, орден Святого Людовика.
Мореплаватель скончался 11 апреля 1851 года в Вене, причиной смерти стал рак желудка. Тело Михаила Петровича отвезли на родину, в город Севастополь, где похоронили в склепе Владимирского собора.
