После трехлетнего пребывания в Швейцарии Гегель вернулся в Германию и в январе 1797 года занял место домашнего учителя во Франкфурте-на-Майне. Здесь в свободное время, как отчасти уже в Берне, он занимался политическими исследованиями наряду с теологическими, которые также не были заброшены. В 1798 году Гегель написал небольшую оставшуюся неопубликованной работу «О новейших внутренних отношениях Вюртемберга, в особенности о недостатках магистратской конституции», к которой позже, после 9 февраля 1801 года, присоединилась также оставшаяся в рукописи работа о германской имперской конституции, относящаяся уже к периоду пребывания в Йене, куда Гегель переселился в январе 1801 года. У него (как он писал Шеллингу 2 ноября 1800 года) идеал юношеского возраста перешел в форму рефлексии и превратился в систему; Гегель разработал в рукописи логику и метафизику, а отчасти и натурфилософию, к которым в качестве третьей части должна была присоединиться этика. В Йене Гегель впервые опубликовал сочинение: «Различие между системами философии Фихте и Шеллинга», Йена 1801. Система Фихте есть субъективный идеализм, система Шеллинга – субъективно-объективный и потому абсолютный идеализм. Она основывается на основной идее абсолютного тождества субъективного и объективного; в натурфилософии и трансцендентальной философии абсолютное конструируется в двух необходимых формах своего существования. К точке зрения Шеллинга Гегель открыто присоединяется. После того как Гегель защитил диссертацию «De orbitis planetarum», он совместно с Шеллингу работал для распространения системы тождества в качестве университетского преподавателя и (в 1802—1803 годах) соредактора (уже упомянутого выше при изложении философии Шеллинга) «Критического журнала философии», для которого он написал большинство статей. В то же время Гегель разрабатывал в рукописи третью часть своей системы, систему нравственности, первоначально для целей своих лекций; эта часть впоследствии расширилась в «Философию духа». Постепенно в Гегеле возобладало сознание его расхождения с Шеллингом, особенно после того, как последний (летом 1803 года) покинул Йену, и непосредственное личное общение прекратилось. Он резко и остро обозначает это расхождение в завершенном в 1806 году обширном труде «Феноменология духа». С тех пор Шеллинг стал считать его своим противником, тогда как прежде они были теснейшими друзьями. Вскоре после этого Гегель, вследствие военных событий, покинул Йену, оставил полученную там в феврале 1805 года должность экстраординарного профессора и некоторое время редактировал «Бамбергскую газету», пока в ноябре 1808 года не получил место директора Эгидиевой гимназии в Нюрнберге. Он занимал эту должность до 1816 года. На этом посту он написал для гимназического преподавания свою философскую пропедевтику и создал обширный труд, объединяющий ранее различавшиеся им самим доктрины логики и метафизики: «Наука логики», Нюрнберг 1812—1816. Осенью 1816 года Гегель занял кафедру философии в Гейдельберге, после того как Фрис вернулся оттуда в Йену. Во время пребывания в Гейдельберге Гегелем, наряду с рецензией «О прениях вюртембергских сословий в 1815 и 1816 годах» в «Гейдельбергских ежегодниках» 1817 года (защите реформ, предпринимаемых правительством), была опубликована «Энциклопедия философских наук в очерке», Гейдельберг 1817 (2-е, значительно расширенное издание 1827, 3-е издание 1830). 22 октября 1818 года Гегель начал свои лекции в Берлине, охватывавшие все части философской системы и оказавшие наибольшее влияние на основание школы. В течение берлинского периода Гегель издал только еще «Философию права»: «Основные черты философии права, или естественное право и наука о государстве в очерке», Берлин 1821, и сотрудничал в новооснованном литературном органе гегельянства – «Ежегодниках научной критики». Благодаря старательной редакции учеников лекции по философии истории, искусства и религии, а также по истории философии были более или менее обработаны в виде книг и опубликованы после того, как сам Гегель 14 ноября 1831 года скончался от холеры.
