После рассмотрения Сенат 12 сентября того же года передал эту «Родословную» в Академию наук на рассмотрение. Разбором этого документа занялся Миллер, давший 6 октября 1746 года ответ на эту «Родословную». Основной ее смысл сводился к тому, что родословную Романовых нельзя выводить от Рюрика. Крекшин должен был написать ответ на возражения Миллера, но почему-то он был представлен только 11 марта 1747 года. Это обстоятельство, впрочем, не помешало Крекшину уже в конце февраля выступить с обвинениями Миллера «в собирании хулы на русских князей»[75].
Тем не менее ответ был составлен. 18 марта 1747 года в Академии наук собралась комиссия из нескольких профессоров во главе с Миллером, которая занялась разбором представленных ответов Крекшина. В состав комиссии входили Тредиаковский, Ломоносов, Штрубе де Пирмон. Работа над ответом заняла несколько месяцев, и только 23 июля 1747 года комиссия передала рапорт Разумовскому с протоколом заседания по этому вопросу, датированным 19 июля 1747 года. Трудно сказать, почему комиссия занималась рассмотрением этого вопроса столь долгий срок. В рапорте Разумовскому академическое собрание высказалось в поддержку родословной Крекшина. Эту идею Крекшина о родстве Романовых с Рюриком поддерживал и Ломоносов, написавший в приложении к своей истории России краткое родословие князей и царей, где Романовых выводил из Рюриковичей[76]. После этого рассмотрение приняло другой оборот и в центре внимания встали обвинения, выдвинутые в адрес Миллера.
4 августа 1747 года состоялось новое слушание в Сенате. Очевидно, как можно заключить из скупых сведений, содержащихся в комментариях к «Полному собранию сочинений», рассматривалось уже не существо вопроса, а обвинения Крекшина, выдвинутые в адрес Миллера. Ломоносова пригласили на слушание и попросили перевести на русский с латыни выписки Миллера, которые он делал из сочинения польского историка Яна Длугоша. После этого дело было отложено в долгий ящик. Только 4 декабря 1747 года поступило прошение от Крекшина, который надеялся завершить рассмотрение дела. Сенат принял решение обсудить его вопрос еще раз. Но это выполнено не было. В 1769 году дело было сдано в архив Сената. О том, что никакого компромата против Миллера не нашли, говорит не только это дело, оставленное без дальнейшего движения, но и то, что Миллер в 1747 году (правда, трудно сказать, когда именно: до слушаний в Сенате или после) перешел в русское подданство, а 20 ноября 1747 года даже получил должность историографа при дворе.
Вероятно, это многим не понравилось, и в конце 1748 года произошло новое событие. В Академии наук было организовано целое расследование против Миллера, обвиненного в подозрительных связях с иностранными учеными. Этот случай настолько громкий, что не вошел полностью ни в одну биографию Ломоносова. Но документы, посвященные этому и опубликованные в «Полном собрании сочинений» Ломоносова, в десятом томе, показывают совершенно иную картину. В следствии над Миллером Ломоносов принял очень живое участие. Обращает на себя внимание то, что это дело началось сразу же за рассмотрением записки Крекшина о родословной князей. Есть основания полагать, что дело против Миллера было возбуждено в отместку за его участие в разборе родословия Крекшина и критические высказывания о нем.
Дело началось с того, что стало известно о переписке Миллера с французским географом и картографом, профессором Коллеж де Франс Жозефом Никола Делилем, работавшим до 1747 года в Академии наук
