Животный мир относится к Малайской подобласти Индомалайской области. Он разнообразен, хотя сильно истреблен. Почти исчезли слоны, носороги, тигры, леопарды, тапиры. На Борнео и Суматре живет малайский медведь и кабаны, на Яве, Борнео и Филиппинах – дикие буйволы. Встречаются антилопы, олени, оленьки, дикобразы. Много обезьян, а в лесах Борнео и Суматры еще сохранился орангутан. На востоке архипелага животный мир относится к Австралийской области. Там распространены сумчатые – кускусы, древесные кенгуру, встречаются райские птицы. Везде много пресмыкающих – змей, крокодилов, ящериц. На Комодо и Флоресе водятся комодские драконы, гигантские вараны, достигающие трех метров в длину и 150 кг веса.
Большинство жителей архипелага принадлежит к малайскому типу южномонголоидной расы. У южных монголоидов шире, чем у северных монголоидов, нос, толще губы и смуглее кожа. Обычно они ниже среднего роста. У островных популяций (малайский тип) заметен сдвиг в сторону австралоидной расы. Кожа желтовато-коричневая, волосы нередко волнистые, эпикантус слабо выражен или отсутствует, губы толстые, нос широкий и плоский с расширенными ноздрями. Все эти признаки не всегда встречаются у одного человека и выражены не у всех этнических групп.
На востоке архипелага – у жителей Молуккских и Малых Зондских островов заметна папуасская примесь. В джунглях Малакки и филиппинского острова Лусон живут пигмеи (рост мужчин 143–146 см) с темно-коричневой кожей и курчавыми волосами. Малаккских пигмеев называют семанги, филиппинских – негрито, маленькие негры, или аэта. Семангов, аэта и пигмеев Андаманских островов (расположенных к северу от Суматры) нередко всех вместе называют негритосами. Несмотря на внешнее сходство, они не родственны друг другу и, тем более, африканскими пигмеями.
Согласно генетическому анализу, первые люди появились в Юго-Восточной Азии около 60 тыс. лет назад.[123] Самой ископаемой ранней находке человека современного типа – 43 тыс. лет (Борнео, пещера Ниа). Ископаемые находки свидетельствуют, что архипелаг, тогда еще полуостров Сунда, сначала заселили австралоиды, сходные с австралийскими аборигенами и папуасами. Судя по анализу мтДНК, разные группы негритосов выделились из австралоидов около 50 тыс. лет назад.[124] 10 000 лет назад из Индокитая стали переселяться первые монголоиды. 6000 лет назад архипелаг начали заселять монголоиды австронезийцы, приплывшие с Тайваня. Сначала они заселили Филиппины, а 5000–4000 лет назад – Зондские острова и Малакку.
Языки большинства народов Малайского архипелага относятся к западной и центральной группам малайско-полинезийской ветви австронезийской семьи. На юге острова Хальмахера (Молукки) говорят на языках восточной группы, близкой языкам Океании. На юге Хальмахеры и на островах Тимор и Алор сохранились папуасские языки. Всего на островах Малайского архипелага живет более 380 этнических и племенных групп, каждая из которых имеет свой язык и обычаи.
Австронезийцы принесли с собой навыки выращивания риса, гончарного ремесла и мореплавания. Дальнейшее развитие народов архипелага шло неравномерно. Одни племена остались на уровне родового строя, а другие развивали торговлю, строили города и объединялись в государства. Под влиянием торговых контактов с Южной Индией на Суматре и Яве распространился индуизм и буддизм. В VII–XIII в. королевство Шривиджайя объединяло под своей властью восточную Суматру, западную Яву и Малаккский полуостров. Но больше известно яванское королевство Матарам (VIII – Х в.), от которого осталась
