К сожалению, повод для начала преследований дал сам барон. Продав очередной замок Жоффруа Феррону, он отказался принять его брата, явившегося за бумагами, а когда тот стал настаивать, Жиль, будучи в сильном подпитии, избил его и заключил в тюрьму. Против барона де Рэ было начато инквизиционное и уголовное дело, а судебную комиссию возглавил епископ Нантский. Жиль де Рэ был официально объявлен оскорбителем церкви, еретиком и детоубийцей. Такое обвинение давало суду право конфисковать его собственность. Недоказанную вину сочли столь очевидной, что за 15 дней до начала суда герцог Бретонский уже распоряжался землями барона де Рэ.
Обвинение, собственноручно написанное епископом Нантским, состояло из 47 пунктов. Основными были: оскорбление служителя церкви (за совершение насилия над братом Феррона), вызывание демонов; сексуальные извращения с детьми и человеческие жертвоприношения, а также хранение и чтение запрещенных магических книг. Говорилось также, что Жиль де Рэ приказал «сжечь тела вышеназванных невинных детей и выбросить их в рвы и канавы вокруг упомянутых замков и в выгребные ямы».
13 сентября 1440 года подсудимый был официально вызван в гражданский суд города Нанта, куда и явился. Заметим: добровольно и не сделав попытки бежать! На закрытом заседании прокурор ознакомил Жиля де Рэ с обвинением и предложил представить свои оправдания, на что самонадеянный маршал тут же согласился. Он даже не напомнил о своей неподсудности судам города Нанта! Это была роковая ошибка. В самом деле: духовный суд мог судить его только за действия, направленные против церкви; у него к Жилю имелись претензии только в связи с оскорблением священства, ведь избитый Феррон – лицо духовное. Обвинения же в ереси были сформулированы так невнятно, что барон, скрывавший свои занятия наукой, легко мог отпереться.
8 октября в Нанте состоялось уже открытое заседание по тому же делу. Теперь барон де Рэ, поняв, что натворил, попытался заявить, что неподсуден суду епископа. Протест отвергли, во-первых, на основании предыдущего согласия де Рэ выступить в качестве ответчика, во-вторых, из-за обвинения в ереси и колдовстве, то есть в преступлениях, которые теперь выдвигались обвинением на первый план. Епископский суд передавал барона в руки инквизиции.
После пятого заседания барон де Рэ, отвергавший возводимые на него обвинения, был подвергнут пытке, после чего сознался «добровольно и свободно» (формулировка суда). Духовные суды завершились решением о передаче барона светским властям для наказания. Тем временем гражданский суд под председательством канцлера бретонского парламента снова предъявил обвинение в убийстве (чего не могли сделать церковные суды) и вскоре осудил маршала и за это преступление. Но судьи продолжали настаивать, что подсудимый что-то скрывает, и продолжали терзать его пытками. Наконец доведенный до отчаяния маршал воскликнул: «Разве не возвел я на себя таких преступлений, которых хватило бы, чтобы осудить на смерть две тысячи человек!»
В итоге «объективный и беспристрастный» суд признал барона де Рэ «еретиком, вероотступником, вызывателем демонов, повинным в преступлениях и противоестественных пороках и осквернении неприкосновенности святой церкви» и приговорил к смерти через повешение с последующим сожжением трупа.
Разбирательство по делу де Рэ даже его современникам казалось незаконным. Ни один из пяти тысяч слуг барона не был вызван в суд для дачи показаний, а его приближенные подвергались жестоким пыткам, в результате которых двое соратников умерли.
