Во время Первой мировой войны, оказавшись в немецком плену, Ф. Шмит получил от немецкого руководства предложение: остаться в Германии и работать в Берлинском университете, но он решил вернуться в Россию.
Отношение к советской власти было у Шмита далеко не однозначным. Он считал себя буржуазным интеллигентом, никак не связанным с пролетариатом. В июне 1919 г. он подписал коллективное письмо харьковской интеллигенции с протестом против красного террора и был приговорен условно к трем годам принудительных работ. После этого, спасаясь от преследования, в 1921 г. переезжает в Киев, где к тому времени был избран действительным членом Всеукраинской академии наук (ВУАН). В 1922 г. Ф. Шмита назначают ректором Археологического института, и одновременно он преподает в различных вузах Киева.
В Киеве Ф. Шмит занимается реставрацией Софийского собора. В августе 1923 г. он назначен его директором. Но ему не суждено было осуществить свои планы: националистически настроенные украинцы мешали восстановлению памятника общеславянской культуры, пытаясь утвердить только свои узконациональные ценности. Должным образом развернуть в Киеве научную работу Шмит не смог.
В книге «Почему и зачем рисуют дети» были систематизированы результаты исследований харьковской лаборатории. Ф. Шмит прокомментировал образцы детских рисунков, подтверждавших его теорию.
Материальное положение Шмита было бедственным. Условия быта советских ученых 1920‐х годов никак нельзя сравнивать с условиями жизни, стабильностью положения и социальными гарантиями профессуры в дореволюционной России. Возрастал идеологический гнет в науке, и у советской профессуры того времени появился статус потенциального классового врага. Ф. Шмита тяготила неуверенность в завтрашнем дне, тревога и страх за судьбу близких.
В 1924 г. Ф. Шмит был назначен директором Государственного института истории искусств в Ленинграде. Институт был уникален, аналогов в России не было, а на Западе ближе всего по программе к нему стоял Немецкий художественно-исторический институт во Флоренции. Институт сохранял традиции старой классической школы искусствознания, слыл «цитаделью формализма». В нем был собран весь цвет российской гуманитарной мысли и велась большая преподавательская и научная работа. Ежегодные сборники института выходили в издательстве «Academia».
Шмитом было продолжено дело по созданию факсимильных фресок старинных церквей, начатое еще при В. Зубове. Шмит остался в памяти студентов как хороший преподаватель. Им был написан учебник для студентов, по которому они учились вплоть до 1930 г. – времени начала гонений на ученого. В эти годы Шмит дважды посетил Германию, возглавлял выставку древнерусского искусства 1926 г.
Российские антиковеды середины 20‐х годов не восприняли теорию Ф. Шмита. Для этого времени характерен полифонизм взглядов на античное искусство, отсутствие единства мнений. Отвергалась сама идея поиска универсальной формулы античного искусства. Антиковеды-классики называли себя «фактопоклонниками» и изучали античное наследие в старой парадигме, прибегая к антикварным, коллекционным методам либо к эстетическому описательству. Эти ученые не были склонны к созданию типологического образа античного искусства.
Ф. Шмит оказался не понятым ни коллегами, искусствоведами старшего поколения, ни искусствоведами-марксистами. Его называли «красной вороной» или злобно критиковали «антисоветскую идеалистическую сущность» ученого. Шмит искренне пытался понять марксистскую теорию, для этого он самостоятельно перевел отрывок из известного произведения Маркса. Представители старой школы не могли простить Ф. Шмиту его стремление прокомментировать свою концепцию в свете марксистского учения. Но критика искусствоведов и историков старшего поколения была мягкой по сравнению с критикой, обрушившейся на Ф. Шмита в конце 20‐х годов со стороны социологов искусства: В.М. Фриче, И.Л. Маца, А.А. Федорова-Давыдова, И. Хвостенко, А. Гастева и др.
