В это время «марксистом» Ф. Шмит определенно не был. Маркса он считал «просто экономистом, написавшим книжку о Капитале». Ф. Шмит в 1925 г. только приступил к изучению работ Маркса, чтобы постичь сам метод. Шмит хотел перебросить мост от экономики Маркса к искусствоведению. Подобная смелость помогла Ф. Шмиту продвинуться дальше своих современников в исследовании закономерностей развития искусства.
В конце 1929 г. в связи с изменившейся политической ситуацией в стране несколько раз вставал вопрос о закрытии института. Ф.И. Шмит безуспешно пытался его «защитить» и в 1931 г. был уволен; ГИИИ вскоре реорганизовали и закрыли. Одно из последних мест работы Ф. Шмита в Ленинграде – Государственная академия истории материальной культуры (ГАИМК). Работая в ГАИМКе, Ф. Шмит организует и возглавляет экспедицию в Крым 1930–1931 гг., в Эски-Кермен. Результаты экспедиции были очень удачные. Раскопками заинтересовались различные ведомства. Но повторную экспедицию в Эски-Кермен ученому провести не удалось.
26 ноября 1933 г. он был арестован в Ленинграде по «делу РНП» (ст. УК58–10, 11). Ф. Шмит обвинялся в осуществлении руководства «украинским филиалом организации», готовившим вооруженное восстание с целью отторжения Украины и присоединения ее к Германии. Он был осужден на пять лет ИТЛ с заменой высылкой в Казахстан (Акмолинск) на тот же срок. В Акмолинске Ф. Шмит был лишен возможности работать, числился статистиком Стройконтроля, некоторое время преподавал историю и географию в средней школе.
В 1935 г. Ф.И. Шмита перевели в Ташкент, где он был принят в Государственный музей искусств УзбССР на должность научного консультанта по вопросам русского и европейского искусства, занимался изучением художественной культуры Средней Азии. Шмит в это время производит впечатление человека глубоко подавленного, морально сломленного. Два последних года Ф. Шмита поддерживала любая возможность работы по специальности. В Ташкенте Шмит писал научные статьи, участвовал в организации и проведении художественных выставок, добился разрешения на поездку в Самарканд, где исследовал архитектурный ансамбль Регистан, купол мавзолея Гур-Эмир. Он с азартом взялся за составление каталога художественного музея в Ташкенте, который так и не был опубликован. В 1937 г. Ф. Шмит уволен с последнего места работы. По доносу в НКВД о «контрреволюционном» характере прочитанных им лекций вновь арестован и приговорен к расстрелу.
Шмитом была создана школа искусствознания, лидером и признанным авторитетом которой был он сам. Методологические принципы, «подходы», определенные Ф. Шмитом, предусматривали непосредственное изучение памятника. Ученики пытались применять его синтетическую методологию при изучении конкретных вопросов искусства, в музеологии, при изучении детского творчества. Никто из его учеников не продолжил главное дело учителя – не занимался темой «циклической концепции». Но все его ученики овладевали в полном объеме методикой типологических обобщений даже при проведении конкретных исследований и становились профессионалами.
Во введении ко всем собственным книгам Шмит, как правило, излагал причины своего внимания к новой теме. Но, следуя культуре оформления ссылок 1920‐х годов, он практически не указывает точные названия произведений, что создает трудности в определении источников цитирования. Осуществление реконструкции предполагаемого подстрочника к переиздаваемым произведениям Ф. Шмита позволяет выявить круг теоретических источников, специальных исследований, внушительный перечень художественных образов, отложившихся в его профессиональной памяти.
