Столыпин проявил неожиданную заинтересованность в деле и потребовал раздобыть копию «наказа»; Шорникова изготовила две копии, на одну из которых поставила печать Военной организации. Ознакомившись с документом, Столыпин отдал распоряжение арестовать депутатов от РСДРП с поличным в момент визита к ним солдатской делегации. Задача не представлялась особенно сложной – все участники Военной организации были известны Охранному отделению, за ними велось агентурное наблюдение.
Солдатская делегация отправилась к социал-демократам вечером 5 мая. Штаб-квартира думской фракции РСДРП, снимаемая на имя депутата И. П. Озола, располагалась в меблированных комнатах «Сан-Ремо» в доме 92 на Невском проспекте. По неизвестным причинам полковник Еленский со своими сотрудниками замешкался, и полиция ворвалась в квартиру после того, как солдаты из неё ушли. В квартире оказалось 35 человек, в том числе пять депутатов Думы.
Полиция не имела права ни арестовать депутатов, ни начинать выемку документов до прибытия судебного следователя; всё, на что решились полицейские – задержать депутатов в квартире до прибытия судебных властей. Хотя полиция не обыскивала и не задерживала депутатов, обыск в квартире, снимаемой депутатом, также представлял собой нарушение парламентской неприкосновенности. Затем полиция незамедлительно арестовала в казармах солдат – участников делегации. Текст наказа, содержавший разного рода жалобы, «…как запирает начальство солдат в каменные клетки-казармы, как мучает их непосильной и ненужной работой, как терзает их бессмысленными учениями…», не производил впечатления свидетельства о серьёзном противоправительственном заговоре.
Депутаты левых фракций внесли два спешных запроса правительству с требованиями объяснений по поводу обыска 5 мая. Столыпин не стал уклоняться от ответа и немедленно, без всякой подготовки, сделал заявление. Он сказал, что «…полиция и впредь будет также действовать, как она действовала». Далее Столыпин перешёл к принципиальным вопросам: «Я должен сказать, что кроме ограждения депутатской неприкосновенности, на нас, на носителях власти, лежит ещё другая ответственность – ограждение общественной безопасности. Долг этот свой мы сознаём и исполним его до конца».
20 мая министр юстиции И. Г. Щегловитов объявил правительству о нахождении при обыске 5 мая документов, свидетельствующих о групповом участии членов Думы – социал-демократов – в противоправительственном заговоре.
1 июня, в пятницу, правительство неожиданно выдвинуло Думе ультиматум. Столыпин, присутствовавший на заседании Думы, попросил объявить заседание закрытым. Затем представитель прокуратуры зачитал постановление судебного следователя о привлечении к ответственности всей социал-демократической фракции Думы на основании результатов обыска 5 мая. Выступивший после этого Столыпин пояснил требования правительства: Думе предлагалось отстранить 55 депутатов от участия в заседаниях, а с 16 депутатов снять парламентскую неприкосновенность.
Столыпин завершил свою речь словами: «…какое бы то ни было промедление в удовлетворении этого требования или удовлетворение его в неполном объёме поставит правительство в невозможность отвечать за безопасность государства».
Дума категорически отказалась ответить на правительственный ультиматум немедленно, под председательством кадета А. А. Кизеветтера была создана специальная комиссия из 22 депутатов, которой следовало разобраться в деталях обвинения социал-демократов и доложить своё суждение Думе. Заседание продолжалось до глубокой ночи.
