Мегабаз приписал свою неудачу предательству Аристагора и обвинил его перед Артаферном, который поклялся его погубить.
Аристагор искал спасения в восстании; он объехал Ионию, чтобы поднять ее: эта провинция была полна колоний, основанных греками, изгнанными Гераклидами из Пелопоннеса. Аристагор сумел пробудить в них любовь к их древней родине и легко убедил их объединиться с греками. Ионийцы, убежденные, что рабство станет их уделом, если они позволят поработить Грецию, взялись за оружие, перестали признавать власть персидского царя, изгнали его войска из своих городов и захватили корабли, находившиеся в их портах.
Аристагор отправился в Спарту. Там правил Клеомен: он представил ему, что достойно свободного народа освободить ионийцев от позорного и тяжкого ига, сорвать планы Дария, опередив их, и перенести войну в самое сердце Персии, вместо того чтобы ждать ее в Греции.
Некоторые авторы утверждают, что Клеомен, убежденный его доводами и подкупленный подарком в пятьдесят талантов, пообещал вступить в союз с ионийцами; другие говорят, и эта версия более правдоподобна и соответствует нравам Спарты, что он изгнал Аристагора из города. Рассказывают даже, что Горго, восьмилетняя дочь Клеомена, присутствовавшая при этом разговоре, воскликнула: «Отец, бегите от этого чужеземца, он вас развратит». Что точно известно, так это то, что Аристагор, не получив помощи от Лакедемона, отправился в Афины, где был принят гораздо лучше. Афиняне, обеспокоенные миссией Демокеда, встревоженные экспедицией на Наксос, были сильно раздражены угрозами Артаферна, который хотел заставить их снова подчиниться игу Гиппия. Они предоставили Аристагору двадцать кораблей, которые он объединил с силами восставшей Ионии.
Не теряя времени, он двинулся на город Сарды: Артаферн, застигнутый врасплох, эвакуировал его, не успев подготовить к обороне. Один ионийский солдат поджег дом, и, так как все дома были построены из дерева, пожар быстро распространился, и весь город был обращен в пепел.
Персидские войска, собравшиеся вместе, прибыли слишком поздно, чтобы спасти Сарды; но они разбили ионийцев и заставили их отступить.
Когда Дарий узнал, что афиняне своей помощью способствовали разрушению одного из его прекраснейших городов, он пришел в ярость, поклялся отомстить грекам и приказал, чтобы каждый день за столом один из его офицеров кричал ему: «Государь, помните об афинянах».
Аристагор, не имея возможности противостоять силам Артаферна, направил свои войска против Византия; но персы разбили его и убили. Затем они объединились, чтобы атаковать Милет. Ионийцы и их союзники выставили против них значительные силы и триста пятьдесят кораблей.
Свободные народы непобедимы, когда они едины, но обречены, как только разделяются. Интриги персидского двора и обманчивые намеки разъединили интересы и разрушили союз союзников. Персидский царь, воспользовавшись этим раздором, захватил Милет и предал его жителей мечу.
Гистией, дядя Аристагора и князь Милета, незадолго до этого оказал Дарию большую услугу, спас его армию, предотвратив попытку фракийцев разрушить мост, чье разрушение лишило бы царя всех средств отступления, когда он преследовался скифами. Поэтому, несмотря на все усилия Артаферна погубить Гистиея, царь, даже воюя с ним, всегда сохранял к нему некоторую благосклонность. После разрушения Милета Гистией во главе нескольких ионийских отрядов вторгся в Мисию. Сатрап Гарпаг разбил его, захватил в плен и передал Артаферну, который, не дожидаясь никаких приказов, казнил его и отправил его голову царю.
